La actividad formativa central del alumno de doctorado es el desarrollo de su proyecto de investigación doctoral. El alumno trabajará durante el primer semestre en afinar su anteproyecto de investigación doctoral; al final del mismo, el alumno deberá contar con un protocolo y calendario de actividades aprobado por su Comité de Tesis. Los resultados de la reunión del Comité de Tesis serán incluidos en un acta que se enviará a la Coordinación del Programa. El escrito del protocolo cuenta con el marco teórico y las estrategias que guiarán al estudiante durante su formación como investigador en el Programa de Doctorado. El alumno y su director de tesis serán los responsables de establecer la calendarización de actividades, las que estarán enfocadas a la práctica investigativa y creativa del estudiante, relacionada con su trabajo de tesis.

En el primer y segundo semestres todos los estudiantes de doctorado cursarán tópicos selectos; las actividades de estos cursos estarán acorde a la línea de investigación y a las recomendaciones de su comité de tesis. La finalidad de tópicos selectos es subsanar deficiencias y mejorar sus conocimientos para el examen pre-doctoral. Estos tópicos podrán incluir cursos, seminarios o talleres que proporcionen una formación académica sólida en los conocimientos generales de la disciplina y en algunos aspectos específicos de la línea de interés del alumno. Los cursos en los que se involucre al estudiante podrán ser:

1. Cursos que tienen relevancia para el diseño y desarrollo del proyecto de investigación. Los cursos sugeridos podrán seleccionarse de entre las materias formales que ofrece la Maestría en Ciencia y Tecnología de Alimentos o bien cursos externos al programa; en particular los cursos formales mencionados son:
1. Metodología de la investigación.
2. Diseño de experimentos.
3. Química y bioquímica de alimentos.
4. Fisiología vegetal.
5. Métodos analíticos.
6. Tecnologías de procesamiento y conservación de alimentos.
7. Ingeniería de alimentos.
8. Ciencia y tecnología de cereales, leguminosas y oleaginosas.
9. Fisiología y manejo poscosecha de frutas y hortalizas.
2. Cursos monográficos o talleres, los cuales se orientan al estudio profundo de una temática específica. Esta actividad Implica la revisión sistemática y panorámica de un campo de estudios y un juicio sobre sus fundamentos, evolución conceptual y perspectivas; mantiene en su conjunto una continuidad estructural y los conceptos se presentan de conformidad con su contexto teórico. La participación de los estudiantes en Talleres le proporcionará un ámbito de estudio que implica actividades teórico-prácticas. Esta actividad sitúa al estudiante ante problemas o realidades concretas sobre las que tiene que incidir para transformarlas operativamente. Implica el conocimiento teórico, su transferencia y aplicación. Su finalidad es el fortalecimiento de cualidades intelectuales a través del ejercicio de competencias técnico-instrumentales, además de fomentar el trabajo en equipo, la comunicación efectiva, el auto-aprendizaje y habilidades docentes.

El alumno de doctorado atiende las recomendaciones del Comité de Tesis en relación al proyecto de investigación, aprobado al final del primer semestre, y durante el segundo semestre trabaja en la parte experimental del proyecto. Los resultados generados durante este semestre deberán sustentar la factibilidad del proyecto y permitirán hacer los ajustes que correspondan. El Comité de Tesis generará el acta correspondiente donde avale el cumplimiento de las actividades señaladas para el segundo semestre y la presentación del examen predoctoral durante el tercer semestre. El protocolo de investigación corresponde a la parte escrita del examen predoctoral, mientras que la parte oral se basa en la presentación del proyecto de tesis doctoral y cuestionamiento del jurado de examen. A partir del segundo semestre el trabajo experimental y de escritura será continuo, al igual que los procesos de evaluación. El seguimiento y evaluación de las actividades realizadas durante el proyecto de investigación y el progreso en la formación del estudiante de doctorado serán realizadas en las asignaturas Trabajo de Tesis y Seminario de Tesis que aparecen a partir del tercer semestre del plan de estudios.

Estas actividades se conforman a partir del trabajo experimental que realizará el alumno como parte de su trabajo de tesis, las cuales estarán bajo la asesoría directa de su Director de Tesis y la supervisión de su Comité de Tesis. Cada semestre, el alumno deberá presentar en forma detallada los avances de su investigación a su Comité de Tesis. El estudiante deberá mostrar un avance sustancial en sus objetivos y defender satisfactoriamente ante el comité las estrategias empleadas y su implementación, así como los resultados generados en su proyecto de tesis. El Comité evaluará dichos avances, determinará si están acorde con el plan de trabajo y si es factible que cumpla con los tiempos de graduación establecidos en el plan de estudios. Los resultados de la reunión de evaluación se entregarán a la Coordinación del Programa.

El alumno deberá acreditar su competencia para redactar documentos científicos escritos en el idioma inglés mediante la elaboración de un trabajo de revisión en tema relacionado con su proyecto de tesis, del cual deberá presentar avances durante el tercer semestre y terminarlo durante el cuarto semestre; el comité de tesis deberá evaluar y avalar la revisión. En el quinto semestre, el alumno trabaja en el análisis de la información generada, así como en la preparación y envío de un artículo científico para su publicación en revista arbitrada e indizada. A partir del sexto semestre el alumno trabaja en la generación, análisis y difusión de los resultados, así como en la redacción de la Tesis Doctoral, misma que deberá concluir en el octavo semestre. Todas las actividades y productos del proyecto de investigación son evaluadas y deberán tener el aval del Comité de Tesis.

El seminario de tesis es el espacio académico en el cual los alumnos del Programa de Doctorado presentan sus proyectos de tesis doctoral y avances de investigación. Esta actividad se realizará, al menos una vez por semestre, y será evaluada por el comité de tesis del estudiante. En el tercer semestre el estudiante deberá presentar en forma pública su proyecto de tesis doctoral y defenderlo ante un jurado como parte de su examen predoctoral. En caso de no aprobar el examen en esta oportunidad el Comité Académico podrá conceder otro examen por única vez, el cual deberá ser presentado en un plazo no mayor de tres meses a partir de la fecha de presentación del examen anterior. Si el alumno obtiene una segunda evaluación negativa será dado de baja del Programa. Con periodicidad anual, el seminario de tesis del alumno será abierto a toda la comunidad del programa de doctorado. Esta actividad es de asistencia obligatoria e incluye conferencias sobre diversos tópicos de los alimentos impartidos por Profesores Invitados o por Profesores del Programa, así como otras actividades que defina el Comité Académico. La no asistencia y/o participación en el Seminario de Tesis será revisada por el Comité Académico, el cual determinará lo procedente.